Михаил Гургенович Вартапетов родился 5 января 1961 года в Москве.
В 1984 году закончил Московский медицинский стоматологический институт имени Семашко по специальности «лечебное дело» и клиническую ординатуру ЦИТО по специальности «травматология».
С 2000 по 2002 год был врачом молодежной сборной России по водному поло, с 2003 по 2005 год – врачом молодежной сборной России по футболу, с 2006 года по ноябрь 2008 года – врачом ФК «Химки». Наибольшую известность приобрел, возглавив медицинский департамент ФК «Спартак-Москва», в котором он проработал более 10 лет.